本校の前身は、昭和２２年４月、戦後の学制改革により群馬郡大類村立大類中学校・岩鼻村立岩鼻中学校・京ケ島村立京ケ島中学校・滝川村立滝川中学校の４校です。
　その後、昭和３９年４月に高崎市群南村学校組合立高南中学校（４教場）を設立し、昭和４０年４月に現在の場所に校舎が建てられ、高崎市立高南中学校が創立されました。平成２６年には開校５０周年を迎えました。
　本校は、高崎市の最東端の田園地帯に位置し、大類小・岩鼻小・京ケ島小・滝川小の４つの学校区から成り立ち、旧高崎では最も校区の広い中学校です。
　校区内には、関越自動車道をはじめ県内の主要道が交差しており、住宅団地・工業団地の造成とともに高崎市の東玄関口として、地域の開発が進んでいます。
　西側には井野川が流れ、その一帯には観音山古墳をはじめ数多くの遺跡群が存在し、南側には、県立近代美術館や歴史博物館、日本原子力研究所、市立青年センター、高崎市歴史民俗資料館等の施設があります。また、学校の近くには高崎健康福祉大学や県立高崎東高等学校等もあり、教育・文化面に優れています。
　平成２８年４月からは旧校舎の解体と新校舎の建設を行い、平成２９年１２月に完成しました。平成３０年１月９日には新校舎落成記念式典を挙行し、新校舎での生活が始まりました。
　新校舎はいにしえの歴史が刻まれたこの地に調和する落ち着いた雰囲気とし、正面玄関には４本の柱を設置して、大類・岩鼻・京ヶ島・滝川の４地域の調和を表しています。そして、隣接する将軍塚古墳をイメージしたアール形屋根をこれらの柱が支えています。
　また、東側外観は学校と地域のシンボルとなるように通風口を時計台のようにデザイン化して、本校が地域に愛され、生徒の記憶に残る学舎となる願いがこめられています。